ՀԵՀԵՄ կառուցվածքը հետևյալն է`
1. Կենտրոնական գրասենյակ (ԿԳ- Մայր Աթոռ Սբ Էջմիածին-Երևան)
Կենտրոնական գրասենյակը Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի և Թեմերի երիտասարդական միությունների կապող օղակն է: ԿԳ-ն կազմակերպում եւ համակարգում է հոգեւոր-ազգային ոլորտին վերաբերող միջթեմական, պետական, հասարակական, բուհական, մշակութային, բարեսիրական, մարդասիրական կազմակերպությունների և կառույցների կողմից իրականացվող ծրագրերը՝ ապահովելով երիտասարդների ներգրավվածությունը:
2. Ատենապետաց ժողով ( ԱԺ):
ԱԺ-ն խորհրդակցական մարմին է, որին մասնակցում են թեմերի երիտասարդական կառույցների ատենապետերը և հոգևոր տեսուչները: Այն գումարվում է մեկ կամ երկու տարին պարբերականությամբ, որի օրակարգում քննարկվում են կայացած և նախատեսվող ծրագրերի մանրամասները, համահայկական միջոցառումների կազմակերպչական հարցերը, տարվա միջոցառումների կարգախոսը, տարածաշրջանային ֆորումներին վերաբերող հարցերը, ՀԵՀԵՄ ուղեցույցի փոփոխումը և ըստ անհրաժեշտության այլ հարցեր:
Ատենապետաց ժողովում յուրաքանչյուր թեմ ունի մեկ ձայն:
3. Տարածաշրջաններ
ա) Հայաստան
Արարատյան Հայրապետական թեմ, Շիրակի թեմ, Գուգարաց թեմ, Արմավիրի թեմ, Սյունյանց թեմ, Վայոց Ձորի թեմ, Արագածոտնի թեմ, Կոտայքի թեմ, Գեղարքունիքի թեմ, Տավուշի թեմ, Արթիկի թեմ, Արցախի թեմ, Վրաստանի հայոց թեմ, Սամխե-Ջավախքի և Ծալկայի ընդհանուր առաջնորդական Փոխանորդություն:
բ) Ռուսաստանի և ԱՊՀ
Հարավային և Հյուսիսային Ռուսաստանի տարածքը, Կրասնոդարի և Ստավրոպոլի երկրամասեր, Դաղստան, Օսիա, Ադիգեա, Կարչայ-Չերքեզիա, Աբխազիա, Թուրքմենստան, Ուզբեկստան, Ղազախստան, Բելառուս, Մոլդովա, Լատվիա, Լիտվիա, Էստոնիա:
գ) Եվրոպա
Մեծ Բրիտանիայի և Իռլանդիայի թեմ, Հունաստանի հայոց թեմ, Ռումինիայի հայոց թեմ, ներառյալ լեհահայոց համայնքը, Բուլղարիայի հայոց թեմ, Շվեյցարիայի հայոց թեմ, Ֆրանսիայի հայոց թեմ,Ուկրաինայի հայոց թեմ
- Արևմտյան Եվրոպայի Հայրապետական պատվիրակություն՝
- Իտալիա, Իսպանիա, Պորտուգալիա, Բելգիա, Հոլանդիա
- Կենտրոնական Եվրոպայի և Շվեդիայի Հայրապետական Պատվիրակություն՝
- Շվեդիա, Նորվեգիա, Ֆինլանդիա, Դանիա , Չեխիա, Ավստրիա, Սլովակիա, Հունգարիա
- Բալկանյան երկրների Հայրապետական պատվիրակություն`
- Ալբանիա, Սլովենիա, Սերբիա, Բոսնիա և Հերցեգովինա, Հյուսիսային Մակեդոնիա, Չերնոգորիա, Խորվաթիա
դ) Հարավային ԱՄՆ
- Արգենտինայի հայոց թեմ
- Բրազիլիայի հայոց թեմ
- Ուրուգվայի հայոց թեմ
ե) Հյուսիսային ԱՄՆ
- Կանադայի հայոց թեմ
- Արևմտյան հայոց թեմ
- Արևելյան հայոց թեմ
զ) Մերձավոր Արևելք և Աֆրիկա
- Եգիպտոսի հայոց թեմ
- Իրաքի հայոց թեմ
- Դամասկոսի հայոց թեմ
է) Ավստրալիա, Հնդկաստան և Ծայրագույն Արևելք
- Ավստրալիա
- Նոր Զելանդիա
- Հնդկաստան
- Սինգապուր
- Մյանմար
- Բանգլադեշ
- Չինաստան